 中央大学物理学科の教授です(Track Back拒否中！）
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SPEXS
昨日今日とSPEXSでPromoter解析
使い方がよく解らないので苦労したが、要するにPombe_-300_-1...とかいうファイルを選べば、各geneの上流300bpまでの領域の一覧の配列が手に入る、ということのようだ。調べたい遺伝子の名前の一覧（SPBC27.04とか）をuploadして配列を集め、次にPATMATCHで既知の細胞分裂Promoterがヒットする場所を図示する、と言うことのようだ。それにしてもこういうソフトやデータベースがみなみな無料とは本当に凄い。要するにこれは「研究する人が足りないから、どんどん貢献してください」ということなのだろうな。 これからは逆に遺伝子群を与えてPromoterを予測しないといけないようだが、SPEXSはWEBベースで使いにくい。AlignACEは古すぎて使えない（意味のないPromoterを予測しすぎる）し、nmicaはどうもJavaベースで使いにくいようだ。なんかうまいのを探さないといけない。 夕方は男女共同参画学協会連絡会に物理学会代表として参加。 01/Jun.2006 [Thu] 22:00
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