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中央大学物理学科の教授です(Track Back拒否中!)
Oct.2021
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SPEXS
昨日今日とSPEXSでPromoter解析
使い方がよく解らないので苦労したが、要するにPombe_-300_-1...とかいうファイルを選べば、各geneの上流300bpまでの領域の一覧の配列が手に入る、ということのようだ。調べたい遺伝子の名前の一覧(SPBC27.04とか)をuploadして配列を集め、次にPATMATCHで既知の細胞分裂Promoterがヒットする場所を図示する、と言うことのようだ。それにしてもこういうソフトやデータベースがみなみな無料とは本当に凄い。要するにこれは「研究する人が足りないから、どんどん貢献してください」ということなのだろうな。
これからは逆に遺伝子群を与えてPromoterを予測しないといけないようだが、SPEXSはWEBベースで使いにくい。AlignACEは古すぎて使えない(意味のないPromoterを予測しすぎる)し、nmicaはどうもJavaベースで使いにくいようだ。なんかうまいのを探さないといけない。
夕方は男女共同参画学協会連絡会に物理学会代表として参加。
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ゲノムスケールの転写因子結合サイト解析
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学会4日目
nadja in wbo>4/06
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